La Facultad de Ciencias Sociales, así como toda la Universidad de la República, se rige por un sistema de cogobierno, lo cual significa que los órganos de decisión y discusión de la facultad están integrados por docentes, estudiantes y egresados.
Los órganos de la Universidad son: el Consejo Directivo Central, el rector, la Asamblea General del Claustro, los Consejos de Facultades, los decanos, las Asambleas del Claustro de cada Facultad y los órganos a los cuales se encomienda la Dirección de los Institutos o Servicios. (Art. 6 de la Ley Orgánica).
El Consejo Directivo Central, el rector, el vice-rectorado y los decanos (todos ellos “órganos” en sentido técnico o jurídico, de la Universidad), son provistos por designación; y, los Consejos Directivos, las Asambleas de Claustro y la Asamblea general de Claustro, por elecciones cuyo voto es obligatorio y secreto (La ley Nº 15.739).