Raúl Trajtenberg estuvo estrechamente vinculado a la Universidad de la República (Udelar) en donde a fines de la década de los sesenta, fue director del Instituto de Economía de la Facultad de Ciencias Económicas y de Administración. En esa época fue uno de los investigadores principales y redactor de “El proceso económico del Uruguay”. En 1986 se reintegró a la Udelar donde fue el fundador del Centro de Investigación y Posgrados en Ciencias Sociales (Ceipos), ámbito relevante para la creación de la Facultad de Ciencias Sociales. Fue luego un activo promotor de la construcción del Departamento de Economía (Decon) con un enfoque moderno sobre la docencia y la investigación de esta disciplina en el país. Su trabajo de investigación en esta etapa aportó a un primer diagnóstico exhaustivo sobre el rol del capital extranjero en Uruguay, en el contexto de las transformaciones de la subregión del Mercosur. En el área de internacionalización productiva del Decon, hasta su deceso continuó trabajando en sus tesis sobre la transnacionalización a escala mundial, que nos han quedado como notas docentes, en una línea de trabajo que hoy se retoma mediante un grupo de investigación apoyado por la CSIC.

Desarrolló además una larga y valiosa trayectoria internacional. En los años setenta y principios de los ochenta trabajó en varios países. En Zambia fue asesor de la Oficina de Planificación y en Ginebra trabajó en el Programa Mundial de Empleo de la Organización Internacional del Trabajo (1974-76). En México fue uno de los fundadores del Instituto Latinoamericano de Estudios Transnacionales y tuvo a su cargo la División de Estudios Económicos (1977-81). El ILET fue un centro de referencia en los estudios sobre la creciente presencia y efectos de las Empresas Transnacionales en las economías latinoamericanas, aplicando la metodología de “complejos productivos” para el estudio de varios sectores económicos, anticipando la noción de Cadenas de Valor hoy ampliamente aceptada como instrumento analítico. Pertenecen a esa época, estudios sobre la Economía y Política en la Fase Trasnacional, así como sobre el proceso de concentración a escala global, aportes teóricos y empíricos que caracterizaron aspectos centrales de la evolución del sistema mundial en las décadas siguientes. En Buenos Aires fundó y dirigió el Centro de Economía Transnacional (1982-1986), en este período fue asesor del Centro de Empresas Transnacionales de las Naciones Unidas.